A mancha alvo do algodoeiro é causada por Corynespora cassiicola, um fungo polífago que ataca cerca de 530 espécies de plantas. O patógeno ataca o algodão em vários países, tendo sido relatado nos Estados Unidos pela primeira vez em 1959, no Alabama. Foi relatado na Bolívia em 1994 e no Brasil, no estado de Mato Grosso em 1995. Epidemias frequentes da mancha alvo tem sido observadas em diferentes regiões produtoras do Cerrado, sendo motivo de preocupação constante de produtores e técnicos. O que mais preocupa é a característica de lesões de diâmetro relativamente elevado, alcançando até 20 mm, que podem causar a queda prematura das folhas. O projeto pretende estudar as bases desse patossistema, desde a caracterização do patógeno até as condições mais favoráveis para a ocorrência de epidemias da doença, bem como a identificação de fontes de resistência e a determinação de fungicidas mais eficientes para o seu controle.